박물관 설계는 와이즈건축에서 담당했으며 이후 서울시 건축대상 최우수상을 받았다. 아무런 역사적 연고가 없는 주택가에 대지 345.52m²(약 104평)의 이층 집을 리모델링해서 지은 지하 1층, 지상 2층짜리 작은 건물이다. 전숙희 와이즈건축 대표는 상징성이 없는 공간에 좁게 자리 잡은 박물관이 오히려 의미 있다고 했다. “잡초처럼 오랜 시간 싸워온 피해자들의 처절함이 느껴지는 곳”이라고 말했다. 건축설계자는 “상처를 드러내는 드라마틱한 공간보다는 상처를 치유할 수 있는 소박한 공간이 되도록 설계했다.”고 말한다. 그래서 박물관에 있는 정원에는 언제 와도 꽃을 볼 수 있도록 야생화를 심었다. 많은 사람들이 “왜 박물관이 찾기도 힘든 마을 한가운데에 있느냐?”고 묻는다. 그럴 때마다 정대협 윤미향 상임대표의 말을 빌려 대답해 준다. “일본군 ‘위안부’였던 여성들이 살아 돌아와서 1991년도까지 거의 45년을 고향에도 돌아가지 못하고 자신의 존재를 숨긴 채 실질적으로 사회에서 소외된 자로 살아왔어요. 그러나 정대협 신고 전화를 통해 세상에 다시 나오기 시작하였고, 세상에 당당히 서게 되었고, 이제는 사람들 가운데서 평화롭게 살 수 있게 되었습니다. 이를 통해 박물관이 동네 한가운데에 위치한 의미를 알아주길 바랍니다.”

전쟁과여성인권박물관은 이런 과정을 통해 2012년 5월 5일 어린이날에 개관하였다. “아이들이 역사를 보고 배워서 다시는 우리와 같은 아픔을 겪지 않는 세상에서 살았으면 좋겠다.”고 말했던 할머니들의 뜻에 따라 어린이들에게 주는 선물이라는 의미다. 
 

개관 이후 지금까지 박물관을 관람한 사람은 2만 5천 명을 훌쩍 넘고 있다. 방문객의 요청에 따라 지속적인 교육도 이루어지고 있으며 각자 삶의 현장에서 할 수 있는 일들도 함께 제시해 주고 있다. 여전히 일본군 ‘위안부’ 문제를 해결하지 않고 역사 속에 덮으려고 하는 일본 정부를 향해 이 문제를 빨리 해결하라고 촉구하는 ‘세계억인서명운동’을 할 수 있도록 독려하기도 하고, 단체가 방문하면 박물관 관람 후 함께 거리 홍보전을 나가기도 한다. 콩고 내전으로 인한 성폭력 피해자들과 베트남 전쟁시 한국군에 의해 피해당한 여성들에게 지원되고 있는 나비기금에 대해서도 이야기를 나누어 그 뜻을 함께 알릴 수 있도록 하고 있다. 

시민들의 관심은 꾸준히 뜨겁다. 개별 학교 혹은 동아리들은 박물관 후원물품을 팔아서 다시 후원금으로 보내주는 일을 지속적으로 하고 있다. 또한 자원활동을 하는 개인별 단체별 팀들도 끊임없이 연결되어 박물관과 함께 일하고 있다. 박물관 벽면과 주변의 벽면에 벽화 그리기를 할 때는 800여 명이 넘는 자원봉사자들이 함께 하기도 했다. 박물관은 명실상부하게 모두에게 열려 있고 모두와 함께하는 ‘행동하는 박물관’이 된 것이다.  

박물관과 지역사회가 상호 유기체적 관계를 만들어 활동하고 있으며 현재 박물관이 위치해 있는 골목길을 평화의 거리로 만들기 위해 계속 논의 중에 있다. 앞으로는 서울 여러 지역과 연계를 맺고, 전국적으로도 특정 지역과 연계를 맺어 평화라는 이슈를 줄기로 엮는 ‘평화맵의 센터’가 될 수 있도록 노력할 것이다.